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Plan B가 있는 인생~!^^
[DNA QC_#3] 4200 Tapestation편(DNA정량 & Size 측정) 본문
안녕하세요~!!
샤봉입니다~!!
오늘은 DNA QC_#3 편으로~!! DNA를 정량 및 Size 측정할때 아주 정확한 장비를 소개하려고 합니다~!!
글을 보시기 전에 이전 글을 보시면 더 전반적으로 이해하시기 좋으실 거에요~!^^
2022.04.30 - [NGS_Wet bench] - [DNA QC_#1] 나노드랍_Nanodrop편(DNA Purity 측정)
[DNA QC_#1] 나노드랍_Nanodrop편(DNA Purity 측정)
안녕하세요~!! 샤봉입니다.~!!! 오늘은 NGS 검사의 꽃?? 꽃이라고 할수 있나?? 암튼 말하면..입 아픈.....너무너무 중요한 과정입니다. QC 라는 용어는 어느 직군에서도 다 사용되는 말이죠?? 말 그대
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2022.05.09 - [NGS_Wet bench] - [DNA QC_#2] Qubit 4 Fluorometer편(DNA정량)
[DNA QC_#2] Qubit 4 Fluorometer편(DNA정량)
안녕하세요~!! 샤봉입니다~!!^^ 오늘은 DNA QC 항목 중에 DNA 정량과 관련된 내용을 다루려고 합니다! 이전에 포스팅 하였던 DNA QC_나노드랍에 이은 2번째 입니다! 2022.04.30 - [NGS_Wet bench] - DNA QC?? 가..
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위에 두 포스팅에서는 DNA Purity 와 정량에 대해서 설명을 드렸습니다~!^^
DNA를 추출 후에는 위에 2가지 QC만 정확히 하면 됩니다~!
그럼 이번에 진행할 DNA의 QC는 어떤 경우에 많이 사용하게 될까요???
정확한 DNA는 정량은 기본이며, 추가로 DNA Size 측정이라는 것을 눈여겨 보여셔야 합니다~!!^^
이번 QC는 DNA Size를 정확하게 확인하는 것이 목표입니다~!!^^
NGS의 경우에는 농도가 너무 적기 때문에....Gel을 통해서 전기영동을 해서 보기에는 힘든 경우가 많습니다.
적은 농도의 DNA Size를 확인하기 위해서 필요한 QC장비입니다.
장비이름은 Agilent 사에 4200 Tapestation 입니다... 음...약간 대체제가 없는...제품이기도 합니다..하하하...
Agilent 라는 회사는 DNA 관련 장비 뿐만 아니라 HPLC 등등 다른 분야에서도 매우 유명한 글로벌 업체 입니다.
장비의 모양을 보면~!
위에 사진은 내부 모습~!
아래 사진은 장비 Set 모습입니다. 노트북과 같이 입고됩니다~!^^
해당 4200 Tapestation의 사용이유에 대해서 말씀드릴려고 합니다~!!^^
첫번째는 DNA Fragment 후에 잘린 DNA Size가 내가 원하는 Size 맞는지 확인하기 위해서 입니다.!!^^
NGS를 흔히 Short Read Sequencing 이라고, 부르는데요~! 그만큼 실험을 진행하기에 앞서서 DNA를 작게 잘라주거나
Primer를 통해서 적정 DNA 길이로 만들어야 합니다.^^
적정 DNA 길이가 아닌 길거나 짧게 되면 결과를 분석할때 문제가 발생되게 됩니다!^^ 고가의 검사이기에...확인 필수!!
두번째로는 검사 중 PCR 진행 후 원하는 만큼 Size가 증가되었는지 확인하기 위해서 입니다.
NGS 검사중에는 Adapter 및 INDEX를 붙이는 등 우리가 보고자 하는 DNA 부분 양쪽에 식별 및 부착을 위한
추가 핵산이 더 붙게 됩니다.!!
우리가 원하는 DNA Size 200bp에서 양쪽에 adapter+INDEX가 50bp 씩 붙는다면 총 300bp 가 되어야 합니다!
그럼 4200 Tapestation을 통해서~~원하는 만큼 증가 되었는지 확인하면 되는 것 입니다.!!^^
위의 이미지 같이 왼쪽에는 전기영동과 같은 이미지를 보여주고,
오른쪽은 Size 및 농도를 보여주며, 구간 설정을 하여, 원하는 영역의 농도만 확인할수 있습니다!
세번째로는 PCR 후에 발생 할 수 있는 Dimer의 존재 유무를 확인하기 위해서 입니다.
PCR 조건 및 DNA,시약 등의 상태로 Dimer 가 발생된다면 상태에 따라
제거하거나, 재실험을 하는 등 조치가 필요합니다.
Dimer는 PCR Primer가 지네들끼 붙어버리는 상황인데요...ㅎㅎ 뭔가가 안맞은 거겠죠???
보통 100bp 구간에서 뾰족 튀어올라 와있습니다!
Dimer가 있는 상태로 검사가 진행된다면, 추후 분석에서 쓸수 있는 Data가 얼마 안나올수도 있습니다.
NGS는 왜 이렇게...신경쓸게 많냐고 할수도 있지만...그런 검사입니다..
QC로 시작해서 QC로 끝나는...그런 검사입니다...ㅎㅎㅎ
지금가지 4200 Tapestation이 필요한 이유 였습니다~!!^^
추가로~~!! 4200 Tapestation에 사용되는 Application은 여러 종류가 있습니다.
이거 외에 신제품이 더 있을 수 있습니다~!!^^
4200 Tapestation에 기본적인 시약 및 소모품은 위의 사진에 있는 ScreenTape가 있으며,
DNA 혼합하는 Reagent가 있으며, 전용 팁, 전용 Tube & Cap 이 있습니다.
ScreenTape에는 전기영동같이 Gel 및 Buffer가 담겨져 있으며, Gel이기 때문에 유통기간이 짧습니다.ㅎㅎ
저도 이글을 작성하면서 찾다가 알게된 내부구조 입니다.~!
이론으로만 알다가 직접보니 저도 신기하고, 원리도 확실히 이해가 되었습니다~!!^^
아직 사용을 안해보셨다면 어려운 구조이지만.. 한번 써보시고 제글을 보신다면~!! 오~!!!
이해되실꺼에요~!!
저 ScreenTape에 장비 내 있는 Needle이 구멍을 뚫고, DNA+Reagent 혼합물을 넣고 전기를 흘려주면
Size가 측정되고, 농도도 측정되게 됩니다...!!!!^^
이 이미지들을 나중에 돌리고 보시면~~ 참 좋은 그림이다~~ 생각이 드실꺼에요~!!^^
저도 와~!! 하면서 봤거든요~!!^^
이상으로 4200 Tapestation의 원리도 공부해 보았습니다!
사용법은 워낙 간단하여~~!! 제외하였습니다!^^
긴글 읽어주셔서 감사합니다!!^^
이상으로 샤봉이었습니다.
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