[DNA QC_#2] Qubit 4 Fluorometer편(DNA정량)

안녕하세요~!!

샤봉입니다~!!^^

오늘은 DNA QC 항목 중에 DNA 정량과 관련된 내용을 다루려고 합니다!

이전에 포스팅 하였던 DNA QC_나노드랍에 이은 2번째 입니다!

2022.04.30 - [NGS_Wet bench] - DNA QC?? 가 뭐지?? 중요한가?? _ 나노드랍(Nanodrop) 편

[DNA QC_#1] 나노드랍_Nanodrop편(DNA Purity 측정)

아마 제가 DNA QC와 관련되서 포스팅 하는 것은 3가지 정도가 될것 같습니다.

#1 : 나노드랍(Nanodrop) - DNA Purity 측정

#2 : Qubit 4 Fluorometer - DNA 정량 측정 (지금 포스팅 내용)

#3 : 4200 Tapestation - DNA 정량 및 Size측정 (예정)

 

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출처 : 써모피셔

오늘의 포스팅 주제인 DNA 정량은 말 그대로~!! DNA 양을 정확히 측정하는 것입니다~!

Nanodrop 포스팅에서도 말씀드렸지만~! Nanodrop도 DNA 정량이 가능합니다.

그러나 NGS에서의 좀더 정확한 DNA 측정을 위해서 Qubit 4 Fluorometer를 사용하게됩니다~!

아마 제일 많이 쓰이는 제품이 써모피셔의 Qubit 4 Fluorometer 이므로 해당 제품을 기준으로 말씀드려요~!

https://www.thermofisher.com/kr/ko/home/industrial/spectroscopy-elemental-isotope-analysis/molecular-spectroscopy/fluorometers/qubit/qubit-fluorometer.html

Qubit 4 Fluorometer | Thermo Fisher Scientific - KR

NGS 검사에서 해당 측정기기를 사용하는 이유는 dsDNA 를 정확히 측정하기 위해서입니다.

dsDNA / 더블스트렌드디엔에이./이중가닥 핵산  뭐...다 같은 말입니다.!!^^

이 Qubit 4 Fluorometer의 측정 원리는 dsDNA에만 특이적으로 형광을 붙이고~! 그걸을 측정하는 형광광도계 입니다.

Fluorometer 의 뜻이 형광광도계 입니다. ^^

그럼 뭐 이게 얼마나 정확하냐~~ 하신다면~!! 

Blood 기준으로 Nanodrop의 측정값 대비 약 80%의 수준으로 농도가 측정이 됩니다.

20%정도가 작아보일수 있으나..NGS 검사 자체가 너무 작은 용량으로 진행되기에 뒤에 큰 영향을 끼칠 수 있습니다.

제가 검사를 진행해보면서 느낀바로는 정상적인 혈액에서야 저 정도로 균일하게 차이가 나지만...

검체의 상태에 따라서 Nanodrop과의 차이는 천차만별이 되더라구요~!

Nanodrop에서는 DNA 상태를 보지 않고 있는 것들을 다 측정하는 것 같습니다...

어떨때는 Nanodrop의 10% 등등 차이가 많이 발생됩니다.

검체별로 적정 차이가 있습니다~!! 80%는 혈액 기준입니다!^^

그렇다면~! NGS Workflow 흐름상으로 보면 현재 단계는...!!!?!?!?!

DNA 추출 → DNA Quality(Purity) 측정_Nanodrop → DNA Quantity(dsDNA) 측정

현재 이 단계 입니다~! 

현재까지의 단계는 모든 분자 실험의 가장 기본이 되는 과정이라고 할수 있습니다!^^

이 뒷 단계서 부터 검사의 목적에 따라 농도 희석, DNA Fragment, 등등 이후 과정을 진행하게 됩니다.^^

 

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위의 내용까지는 Qubit 4 Fluorometer를 사용해야 하는 이유를 말했다면...!!

여기서는 Qubit 4 Fluorormeter의 활용 가능한 부분에 대해서 간략히 말씀드리려고 합니다!^^

출처 : 써모피셔

위의 이미지가 나타내는 정보는 각 시약 Kit의 농도 측정 범위 입니다~!^^

예를 들어, dsDNA HS kit의 경우는 대략 0.01 ~ 100 ng/ul 사이의 dsDNA를 측정 할수 있는 것입니다.

Kit명을 잘 보면 해당 kit의 목적이 나옵니다.

dsDNA HS kit : dsDNA를 High Sensitivity하게 측정해서 HS가 붙어 있습니다. 

                    즉, 민감도를 올린 제품으로 작은 농도를 측정하는데 용이한 제품입니다.

                    DNA추출시에 농도가 적은 검체나, 낮은 농도로 희석된 DNA를 확인할때 등등 사용됩니다.

dsDNA BR kit : dsDNA를 Broad Range하게 측정해서 BR이 붙어 있습니다.

                   즉, 높은 농도를 측정 할 수 있게한 제품입니다.

                   이 kit는 PCR이후 농도가 높아진 DNA를 측정할때 용이한 제품입니다.

제가 해당 Kit를 다 써보지 않아서 모르는게 있지만.~!!!

1X가 붙어 있는 것은 형광을 미리 Solution에 혼합해두어 사용성이 편리한 제품입니다.

RNA,ssDNA,dsDNA는 측정이 되는 핵산을 뜻합니다~!^^

XR은 잘모르겠어요..ㅎㅎ

사용법은~!! 설명서를 보시고~~!!

모르시거나 확인하시고 싶은 부분이 있으시다면 댓글을 달아주시면~!! 답변해드리겠습니다!!^^

장황하고~ 길게 썻는데~! 도움이 되셨으면 좋겠습니다!!^^

감사합니다

샤봉이었습니다.^^