NGS (Next Generation Sequencing) workflow

 

드디어 NGS 관련글을 처음 올리게 되네요~!!

 

NGS 글을 어떻게 구성해서 올려야 할까~!! 많이 고민했습니다~!

 

컴퓨터 글로 정리하는 거는 자신이 없어서 다른 방법을 강구하던 차에~! 직접 손으로 써서 올리자... 라는 

 

아날로그적인 생각을 하고 진행하려 첫 시작을 했습니다.~!

 

최대한 쉽게~~ 풀어서 설명해 보려고 합니다~!

 

그리고 모든 방식은 제가 지금 진행하는 것에 중점을 두어서 제가 모르거나 안해본 방식은 잘 몰라요...^^

 

댓글 달아주시면 공부해서 알려드리도록 하겠습니다.~!

 

위 사진은 저의 글씨이구요~! 간략한 NGS workflow를 적었습니다.

 

NGS workflow

 

1) 샘플 획득 

 

NGS에서 기본적인 Sample은 DNA를 뜻하게 됩니다. DNA를 획득할 수 있는 방법은 어려가지가 있지만~!

 

크게는 2가지로 나눌 수 있을 것 같습니다.

 

 (1) Column 방식 (2) Bead 방식

 

DNA를 핵에서 꺼내는 방법은 거의 유사하나~~ 나온 DNA를 회수하는 방법에 있어서 차이가 생깁니다.

 

이후 연재될 글에 상세히 올리겠습니다.

 

 

2) 샘플 퀄리티 확인

 

NGS 검사과정에서 제일 중요한 부분이라고 할 수 있겠습니다. 우리가 획득한 DNA의 상태가 좋은지 나쁜지를 확인하는

 

퀄리티 확인도 있고, DNA를 더 길게 만들었는데~~~잘 늘어났는지~~ 확인하는 과정~~ 증폭을 시켰는데~~ 증폭이 잘

 

되었는지~~ 확인하는 과정~!!^^ 이러한 우리가 의도를 하고 진행된 검사의 결과가 잘 나왔는지를 확인하는 것을 

 

Sample QC 또는 DNA QC 라고도~~ 부릅니다~!

 

 

3) DNA Library 제작

 

NGS의 다양한 검사법은 이곳에서 차이가 난다고 할수가 있습니다~! 물론 분석방법에서도 다양한 차이가 나타납니다.

 

DNA Library 제작이라고 하는 것은 돌리고자 하는 NGS 장비회사의 요구사항에 맞게~~가공하는 과정이라고 생각하면

 

편할 것 같습니다. 그리고 여러 Sample을 구분 짓기 위해서 Barcode 또는 INDEX 라고 하는 것을 붙여서~~ 여러 사람의

 

DNA를 합쳤을때 이건 누구 DNA 요건 누구 DNA를 구분 지을 수 있게 하는 과정도 진행합니다~!

 

 

4) 시퀀싱

시퀀싱은 염기서열 분석 법이라고 하며~! 우리가 만든 DNA 가닥을 읽는 과정입니다.

내가 GATTTTAGCCCTAGCTACGATCGTCTAG 이런 DNA를 Library로 제작했다면 시퀀싱 장비가 각 회사의 읽는 방법에

따라~~하나하나 염기서열을 읽어서 DATA로 저장하게 됩니다~!

 

5) 결과 분석

시퀀싱 장비가 Library의 DNA의 염기서열을 읽는 DATA를 가지고~~요러쿵 저러쿵~~ 분석을 하여~~이상한 염기서열

부위를 추리고~~ 여기저기 정보를 수집하여~~ 이상한 부위가~~ 나를 아프게 할지 안할지~~ 찾아보는 과정입니다.

이를 요즘 Bioinformatics 라고 부르는데요~! 저는 검사자 이지만... 이부분도 공부해서~!!

많이 아는 만큼 도움드리고 저도 더불어 공부하도록 하겠습니다~!

 

처음 접하거나 진입하시는 분들을 위해 쉽게 풀어봤는데요~!!

벌써부터...머리가 아프실수도 있지만... 앞에 Workflow 에서부터 천천히 친절하게~~ 설명설명 또 설명 하면서 진행

하겠습니다. 중간에 다른 과정의 다른 부분이 궁금하신 분들도~~!! 언제든지 물어보시면 답해드리겠습니다.~!!^^

읽어주셔서 감사합니다~! 자주 방문해 주세요~!!^^